به‌موجب مادۀ ۳ قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان، حمایت‌ها و تسهیلات قابل‌اعطا به شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیانِ موضوع این قانون عبارت‌اند از:
- معافیت از پرداخت مالیات، عوارض،حقوق گمرک، سود بازرگانی و عوارض صادراتی به‌مدت ۱۵ سال (البته بنابر مادۀ ۷ آیین‌نامه ارزیابی شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان، شرکت های دانش بنیان «تولیدی نوع ۲» (صنعتی) و «نوپا نوع ۲» مشمول معافیت مالیاتی نخواهند بود)؛
- تأمین تمام یا بخشی از هزینۀ تولید، عرضه یا به‌کارگیری نوآوری و فناوری با اعطای تسهیلات کم‌بهره یا بدون بهره بلندمدت یا کوتاه‌مدت برطبق عقود شرعی؛
- اولویت استقرار واحدهای پژوهشی، فنّاوری و مهندسی و تولیدی شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان موضوع این قانون در محل پارک های علم و فنّاوری، مراکز رشد، مناطق ویژۀ اقتصادی و یا مناطق ویژۀ علم و فنّاوری؛
- اولویت واگذاری تمام یا بخشی از سهام مراکز و مؤسسات پژوهشی دولتی قابل‌واگذاری براساس ضوابط قانون اصلاح موادی از قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران و اجرای سیاست‌های کلی اصل چهل‌وچهارم قانون اساسی به شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان موضوع این قانون؛
- ایجاد پوشش بیمه‌ایِ مناسب برای کاهش خطرپذیری محصولات دستاوردهای دانش، نوآوری و فنّاوری در تمام مراحل تولید، عرضه و به‌کارگیری؛
- تسهیل شرایط مناقصه در موضوعات مرتبط با ماده ۱ این قانون و تمهید امکان مشارکت شرکت‌ها و مؤسسات دانش بنیان موضوع این قانون.
