بد افزار ها نه تنها می تواند اطلاعات شما بلکه اطلاعات مشتریان و یا کاربران وب سایت شما را نیز بدزدند. هیچ کاربری به وب سایتی نمی رود وقتی می داند که یک وب سایت امن نیست. مشتریان به سرعت به دنبال وب سایتی می روند که قابل اطمینان باشد و خود را از خطر وب سایت نا امن خلاص می کنند.
یکی از بدترین سناریو ها برای یک وب سایت این است که توسط موتور های جستجو در لیست سیاه قرار بگیرد. وقتی یک وب سایت وارد لیست سیاه شود دیگر در هیچ یک از خروجی های جستجوی مطالب مرتبط نمایش داده نمی شود. وقتی وب سایت شما در موتورهای جستجو نباشند عملا دیگر وب سایت شما در اینترنت گم می شود و کاربر هایی به سایت شما می آیند که آدرس دقیق آن را می داند. و از طریق جستجوی محتوا دیگر راهی به وب سایت شما وجود ندارد.
موتور های جستجو زمانی که تشخیص می دهند که یک وب سایت دارای بد افزار است آن وب سایت را وارد لیست سیاه خود می کنند. پاک کردن تمامی بد افزارها و حفاظت وب سایت یکی از راه های حفاظت از یک وب سایت است.